为了加大地方政府和农垦参与项目建设的力度,98年9月11日省政府决定,疏勒河项目建设在省水利厅的直接领导下,由省疏管局为项目执行单位,对整个项目实行统一规划设计、统一计划安排、统一招标采购、统一报账支付、统一质量验收。下设酒泉地区疏勒河建设委员会和农垦疏勒河建设指挥部承担支渠及田间配套、移民安置工程。根据项目建设实际情况,成立了玉门市、安西县项目办公室。已建成项目已开始移交水资源管理局进行运行管理。